La Galleria Nazionale è stata creata dopo la donazione del legale Alexandros Soutzo, che nel 1896 ha lasciato la sua proprietà allo Stato allo scop di creare un Museo di Belle Arti. Quattro anni più tardi, il 28 luglio 1900, ha iniziato ad essere attiva la Galleria.

Inizialmente esponeva 258 opere provenienti dalle collezioni dal Politecnico (nel quale  alcuni anni prima era stata creata una piccola galleria) e dell'Università. L'anno successivo sono stati uniti anche le 107 opere della collezione di A. Soutzos, ereditate anche queste dallo Stato greco.

Tra le collezioni permanenti del museo ci sono opere di Pittura dell’epoca moderna greca (dal 19° secolo), di pittura dell’Europa occidentale, di Incisione dell’epoca moderna greca ed europea, di Arti decorative e applicate, di scultura dell’epoca moderna greca moderno ed europea.